Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée

De Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée


Qui sommes nous ?

Bienvenue sur le wiki de l'équipe bioinformatique Caenno-Roueannaise du Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée !

Ce wiki a pour but de regrouper l'ensemble de la documentation des outils bioinformatiques développés de concert entre le Laboratoire de biologie et de génétique du cancer du CLCC François Baclesse (Caen) et le Laboratoire de génétique moléculaire du CHU de Rouen.

Nos Projets


La motivation de l'équipe bioinformatique du "Centre Normand de Génomique et de Médecine Personnalisée" est de fournir des solutions logicielles permettant de réaliser, grâce au séquençage haut-débit (NGS), le diagnostic clinique de patients atteints de cancers.

Dans le cadre du projet INCa "Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique des cancers" pour lequel nous avons été sélectionné en tant qu'équipe bioinformatique référente, nous avons pour objectif de permettre à ces solutions d'être déployées dans d'autres laboratoires. À cette fin nous avons mis à disposition une machine virtuelle contenant l'ensemble de nos outils sur le cluster de l'IFB, mais aussi en téléchargement. Vous trouverez plus d'infos à ce sujet ci-dessous :


Solution Outils Installation requise Téléchargeable Configuration minimale (recommandé) Page
Système CPU RAM (Go) HDD space (Go)
Instance Cloud IFB BAPT
+
CanDiD
Cancel-146131 960 720.png Cancel-146131 960 720.png NA NA NA NA Lien
Machine virtuelle V1 BAPT
+
CanDiD
Check-157822 960 720.png Check-157822 960 720.png 64 4 (8) 32 (96) 200 (1To) Lien

BAPT

BAPT.png Articles associés
     PrésentationInstallationFAQ
Pipelines implémentés
     CaptureDiagConstitCaptureDiagSomatique
Benchmarks
     Benchmark INCa
Formats de fichier
     Fichier de configuration XMLBED de la ROIExcel de genomeCoverageBam
Outils
intégrés
Gratuits
     BEDtoolsBWACNV-SeqPicardSAMtoolsVCFtools
Propriétaires
     Alamut-BatchCASAVAGATKNextGeneAnnovar
Fait-maison
     CASAVA2VCFcreatePipelineConfFilegenomeCoverageBammergeFastqNGSDataToCanDiDOnTarget
ReportDiagROIReportROIQualityReportswitchToCASAVA

CanDiD

CanDiD.png Base de données
     Présentation
API
     PrésentationInstallationConfiguration
Interface de validation
et
d'exploration des données
     PrésentationInstallation